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　国土交通省は、２０１６年度第３次補正予算（１月31日成立）の配分箇所を公表した。山梨県については、中部横断自動車道（富沢〜六郷）に60億円、富士川河川事業に７億１４００万円、砂防事業に４億９０００万円。ゼロ国債としているため16年度内の契約発注が可能となる。山梨県について補助事業の計上はない。

　第３次補正予算は、公共事業の発注平準化措置として、16年度の支出はゼロだが年度内に契約発注が可能となるゼロ国債を主に計上した。
　山梨県の配分箇所は、道路改築では中部横断自動車道（富沢〜六郷）に60億円を計上し、整備を促進。道路維持管理では、国道20号、52号、１３９号の防災・老朽化対策に３億９９００万円。
　河川では、富士川で改修に１億２８００万円、維持修繕に３億５１００万円など。砂防では４カ所に合計４億９０００万円。
　山梨県の配分箇所と事業費は次のとおり（カッコ内は市町村名）。
　【直轄道路事業】
　◆中部横断自動車道富沢〜六郷（南部町〜市川三郷町）＝60億円
　◆国道１３９号都留バイパス（都留市）＝３３００万円
　◆国道20号防災・老朽化対策（上野原市〜北杜市）＝２億円
　◆国道52号防災・老朽化対策（南部町〜甲府市）＝６０００万円
　◆国道１３９号防災・老朽化対策（富士河口湖町〜大月市）＝１億３９００万円
　【直轄河川事業】
　◆富士川一般河川改修（中央市、富士川町、身延町、静岡県富士市）＝１億２８００万円
　◆富士川河川維持修繕（韮崎市〜河口）＝３億５１００万円
　◆富士川河川工作物関連応急対策（甲府市）＝２億３５００万円
　【直轄砂防事業】
　◆釜無川上流右岸山腹工（北杜市白州町鳥原）＝１億５０００万円
　◆荒川上流砂防堰堤群砂防堰堤工（南アルプス市芦安芦倉、早川町奈良田）＝１億５０００万円
　◆保川第五砂防堰堤工（早川町保）＝９０００万円
　◆早川流域砂防施設改築砂防堰堤工（早川町赤沢）＝１億円