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　ＪＲ東日本は、２０１６年度の設備投資計画を策定した。単体の投資額は15年度と比べ80億円増の４５００億円。山梨県関係では、中央快速線のグリーン車導入への準備、クルーズトレイン「四季島」投入への準備を進める。
　中央線ではそのほか、三鷹〜立川間の高架下空間を利用した「中央ラインモール」の開発を進展させる。
　災害対策では、高架橋や橋脚、　土、レンガアーチ高架橋、駅舎などの耐震補強、電車線支持物（電化柱）の耐震補強を実施する。ホームの安全対策では、ホームドアや非常停止ボタン、内方線付きホーム縁端ブロックなどを整備する。
　大規模ターミナル駅開発は、新宿、千葉、横浜、東京、仙台、渋谷で進める。さいたま新都心ビル（仮称）開発、熱海駅と千葉駅の改良・駅ビル建て替えも行う。