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　防衛省は、馬毛島基地（仮称）建設に伴う種子島の施設整備で地元自治体と協議を進めている。自衛隊員等の宿所は施設規模に応じて１市２町にそれぞれ設置する考えで、用地調査をもとに設置場所を選定。管理事務所は中種子町、ヘリポートは南種子町に設置を検討している。

　種子島での整備のうち、安定的な運用・適切な維持管理の施設として、中種子町には管理事務所、編成訓練施設、物流倉庫。南種子町に車庫、車両整備工場、自衛隊ヘリポートを予定している。
　設置場所は、効率的な運用を踏まえ、用地確保、港活用、宿舎配置などと併せて検討し選定。宿舎は１市２町に設置する施設規模に応じた建物規模に向け、部隊運用、交通の便、周辺環境などの各条件を考慮して決める。
　基地建設の動きは、県が馬毛島にある葉山漁港の泊地・航路浚渫を許可。工期は８月16日から２０２３年３月31日までで、浚渫土砂量は約１万９０００ｍ３（漁港区域内約１万２５００ｍ３、外約６５００ｍ３）でグラブ浚渫船等により行われる。
　同省では、馬毛島での敷地造成、管制塔、燃料貯蔵施設等、敷地造成、管理用道路等を発注済みで、島内での着工は環境影響評価書の公告後を見込む。